Chương trình giáo dục của Alpha Schools là sự kết hợp giữa chương trình của Bộ Giáo dục và Đào tạo với chương trình đặc thù với mục tiêu giáo dục toàn diện, phát triển tiềm năng cá nhân phù hợp với từng giai đoạn, trong đó mục tiêu giáo dục nhân cách là quan trọng nhất.

Dựa trên mục tiêu giáo dục tổng quát đó, Alpha Schools lấy 03 quan điểm giáo dục nền tảng xuyên suốt tất cả các chương trình giáo dục là Dạy học kiến tạo - Dạy học trải nghiệm - Dạy học phân hoá. Đây là những quan điểm giáo dục tiến bộ và nhân văn dựa trên mục tiêu trọng tâm là lấy học sinh là nhân tố quan trọng nhất - HỌC SINH LÀ TRUNG TÂM của quá trình giáo dục. Trong 10 năm hành trình giáo dục của mình, Alpha Schools luôn hiểu rằng mỗi học sinh lại có năng lực, sở thích, mối quan tâm, tính cách, kinh nghiệm... khác nhau, cho nên việc tiếp cận giáo dục theo hướng phân hoá, cá nhân hoá là một cách tiếp cận nhân văn để tạo ra những thế hệ học sinh sống và học có TRÁCH NHIỆM, có ĐAM MÊ và không ngừng SÁNG TẠO để THÍCH ỨNG với sự biến đổi không ngừng của nền kinh tế - xã hội trên thế giới nhưng cũng đồng thời là những con người tử tế biết YÊU THƯƠNG và quan tâm đến con người và môi trường xung quanh của mình, biết TÔN TRỌNG và lắng nghe để tiến bộ hơn mỗi ngày. 

Để thực hiện được quan điểm giáo dục trên, Alpha Schools chủ yếu sử dụng các phương pháp dạy học tích cực lấy học sinh làm trung tâm, trong đó phải đặc biệt lưu ý đến những phương pháp dạy học điển hình: Dạy học dự án; Dạy học giải quyết vấn đề; Dạy học theo nhóm; Lớp học đảo ngược; Câu hỏi đảm thoại gợi mở - Socrat.