Chương trình giáo dục của Alpha Schools là sự kết hợp giữa chương trình giáo dục của Bộ Giáo dục và Đào tạo với các chương trình đặc thù của nhà trường. Chương trình giáo dục của Alpha Schools được chia thành 05 màng: Chương trình của Bộ Giáo dục và Đào tạo; Chương trình các môn dạy bằng Tiếng Anh; Chương trình các môn học rèn luyện kĩ năng và giá trị; Chương trình trải nghiệm; Chương trình câu lạc bộ ngoài giờ.